苹果公司于2010年发布了应用程序审核指南。一般来说，应用程序不得包含具有攻击性，敏感，令人不悦，侮辱或者品味低下的内容。
根据苹果公司要求，软件开发商需向苹果提交应用程序进行审核，并等待苹果方面批准或拒绝。如果应用程序被苹果拒绝，软件开发商可以根据苹果方面提供的拒绝原因进行修改并重新提交。
苹果的审核过程会随着时间的推移，对开发者的反馈和应用被批准的延迟而改变。在2009年7月，一个应用程序的提交审核的时间可能需要几周；2009年底，苹果公司精简了审核过程，一些应用程序的审核时限缩短至几天时间。
所有在App Store上架的应用程序必须支持沙盒机制，并列出正确功能所需的所有权限。在审核过程中，每个应用程序都要接受测试，并在其二进制代码上进行静态分析应用程序。
如果软件开发商提交完全抄袭苹果应用程序界面的应用程序，那么这些应用程序将会被苹果方面拒绝。
2016年6月13日，苹果公司严格要求应用程序不得包含指引用户使用非IAP机制进行购买的按钮、外部链接或其他行动号召用语。
2017年6月10日，苹果公司新增“iOS应用程序可以使用应用内购买，让消费者面向数字内容的提供者支付“小费”（又称打赏或赞赏）”的条款。 2017年9月17日，苹果取消第三方应用中个人对个人的打赏抽成，但同时也规定应用开发商不得从打赏中抽成。 2017年3月，苹果公司要求软件开发商删除热更新相关代码，并重新提交一个新的App版本以供审核。如果开发商未在6月12日前移除热更新的相关代码，则应用程序将被下架。
2009年12月，苹果公司禁止由漫画家马克·菲奥雷设计的NewsToons应用程序上架，理由是“对公众人物的嘲笑”。2010年4月，菲奥雷赢得普利策奖的政治讽刺漫画奖，成为第一个获得知名新闻奖的互联网漫画家。事件发生后，苹果公司要求菲奥雷重新提交应用程序，随后被接受。
2009年4月，一款名为《摇晃婴儿》（Baby Shaker）的游戏在App Store获准上架，后来接用户投诉而被下架。该游戏允许用户通过摇动手机，将哭泣的卡通宝宝保持安静。该应用程序因“摇晃婴儿综合症”被批，当婴儿在摇晃时，可以导致严重的脑损伤。
2009年5月，九寸钉乐团成员特伦特·雷泽诺通过他的Twitter帐号表示，由于“内容令人反感”，苹果已拒绝对《九寸钉》应用的更新。但苹果后来批准该应用发布更新。
2009年12月，电子书应用程序《控制iPhone OS 3》（Take Control of iPhone OS 3）被苹果方面拒绝。该应用程序需要移除所有与越狱有关的内容后才能重新上架。
2012年8月，乔什·贝格利设计了一个与无人机有关的iPhone应用程序。该应用程序的原理是，只要美军无人机抵达目标，就会发出推送通知。随后该应用被苹果拒绝，原因是“令人反感和粗暴”。
2017年8月10日，北京一家律师事务所代表28家应用开发商，向国家发改委和国家工商总局控告苹果公司强制下架部分应用程序以及对应用程序打赏功能抽取30%的提成等行为，违反《中华人民共和国反垄断法》。对此，苹果公司回应称，大部分从中国提交的应用程序都可以在48小时或更短的时间内得到审核和通过，开发者可以使用申诉流程，向App Store就其具体情况提出再次审核并可以获取支持，从而帮助其尽快恢复上线。
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